Úrad vo svojej správe konštatuje celkovo 32 viac či menej závažných porušení najmä zákona o účtovníctve, obchodného zákonníka, zákona o verejnom obstarávaní, interných predpisov a stanov spoločnosti v rokoch 2008 a 2009. Z verejného obstarávania možno spomenúť nesprávne postupy zadávania zákazniek, rôzne porušenia zákona a interných smerníc pri obstarávaní nízkopodlažných autobusov Citelis, prenájme autobusov Tedom, nákupe autobusu Mercedes Citaro CNG, nákupe oblečenia pre zamestnancov, samohasiacich zariadení do vozidiel MHD a dochádzkového systému. Z hľadiska hospodárenia spoločnosti boli nedostatky zistené najmä v správnosti a pravdivosti účtovných uzávierok a inventarizácií.
NKÚ za zistené nedostatky pri svojej kontrole neudeľuje sankcie pre kontrolovaného, ale môže zistené nedostatky postúpiť príslušným inštitúciám, ktoré majú zo zákona možnosť udeľovať sankcie.