V prípade projektu výstavby trolejbusovej trate Pražská – Hroboňova ministerstvo zamietnutie žiadosti odôvodnilo nesplnením kritérií formálnej správnosti. V prípade projektu preferencie električkovej dopravy na Račianskej radiále ministerstvo odôvodnilo zamietnutie žiadosti z dvoch dôvodov. Prvým bolo to, že projekt nezískal potrebný počet bodov v hodnotiacom kritériu „Vhodnosť a účelnosť projektu“, čím žiadateľ nesplnil podmienku Prílohy č. 2 Programového manuálu pre Operačný program Bratislavský kraj. Druhým dôvodom bolo to, že žiadateľ pri procese verejného obstarávania neuplatnil princíp nediskriminácie uchádzačov, alebo záujemcov stanovením diskriminačných podmienok účasti, čím porušil zákon o verejnom obstarávaní.
Mestské zastupiteľstvo schválilo dopracovanie žiadostí a ich opätovné podanie v rámci výzvy OPBK/2010/1.2/04 na svojom rokovaní dňa 25. marca 2010. V prípade získania NFP na uvedené projekty sa 85% oprávnených výdavkov zaplatí z eurofondov, 10% zo štátneho rozpočtu a zvyšok, vrátane neoprávnených výdavkov, zaplatí hlavné mesto. Rozpočet na projekt preferencie električkovej dopravy na Račianskej radiále počíta s celkovými nákladmi 412 161,75 Eur s DPH (pôvodne 1 648 653,35 Eur), projekt výstavby trolejbusovej trate Pražská – Hroboňova počíta s rozpočtom 2 975 849,04 Eur s DPH (pôvodne 2 482 167,93 Eur). S realizáciou projektov, ktoré sa mali pôvodne realizovať v tomto roku, sa počíta v prípade schválenia žiadostí o NFP v roku 2011.